「免疫とは非自己を見つけ出し破壊する作用である」と思っていないだろうか？
　もう少し詳しく言うなら「非自己」に癌細胞などの「異常な自己細胞」を加えても良い。自己の細胞を攻撃するのは免疫システムの異常で「自己免疫性疾患」とされている。ところが免疫系は自己を攻撃することもあるし、非自己を攻撃しない事もある。

アポトーシスはご存知だろう。プログラミング死の事だ。人が胚から体を形成していくときにも発動するのだが、余分な部分を処理していくのは免疫細胞である貪食細胞だ。胎児期の特殊な状況だけではない。日常においても、記憶を忘却するには神経細胞の接合部を処理しなければならない。
　これも貪食細胞、主にはマクロファージの役目だ。自閉症などはこの部分がうまくいかず、記憶が消えないから異常な記憶力となるのだ。この辺りは腸内フローラの関与が大きいことは以前書いた。腸内フローラとマクロファージとは密接な関係があるのだが、これは後程。

腸管などの主に粘膜系の免疫システムが複雑なことは以前触れた。食物の分子や空気中の塵などをいちいち攻撃したりはしない。危険性のないものは放っておかれるのである。

腸内フローラと呼ばれる微生物群も免疫系から隠れているわけではない。人類の進化の過程で必要な微生物は攻撃されないように免疫系に働きかけているのだ。

免疫は促進と抑制でコントロールされなければならない。抑制に関与しているのが制御性T細胞（Regulatory T cellのこと。Suppressor T cellとは違う）だ。この制御性T細胞を、人体に定着した腸内微生物群はコントロールしているというのだ。
　腸内細菌の中でも数の多いバクテロイデス・フラジリスは、多糖類A(PolysAccharide、略してPSA)という物質を産生し、細胞表面から放出する。これが腸内で免疫細胞に貪食されるとPSAが制御性T細胞を起動させる。そして、制御性T細胞は免疫細胞にバクテロイデス・フラジリスを攻撃しないよう指令を送る。

免疫異常、特に免疫過剰による疾患は有効な治療法がない。腸内細菌が免疫系に非常に重要な役割を果たしている事、なんとなく分かって頂けましたか？